A FUNPEC trabalha em parceria com instituições públicas e privadas, apoiando os pesquisadores (coordenadores) que recebem assessoria para a execução administrativa e financeira no desenvolvimento das atividades de ensino, pesquisa, extensão, desenvolvimento institucional e inovação, promovendo assim o progresso da ciência e tecnologia no Brasil.

A partir das negociações que resultam na formalização do instrumento jurídico (convênio, contrato, termo de parceria, acordo de cooperação, dentre outros), todo o desenvolvimento do projeto é acompanhado, desde o cadastramento no sistema de gestão de projetos até  prestação de contas.

Ressaltamos que, desde a formalização do projeto até a finalização, são obedecidos todos os normativos vigentes no país que englobam desde as Leis Federais, Municipais e Estaduais, Resoluções da Universidade até os Acórdãos dos Tribunais de Contas, como forma de garantir o máximo atendimento aos preceitos da legalidade, moralidade e eficiência.